O Serviço de Fonoaudiologia tem por finalidade contribuir para o desenvolvimento da fala e da linguagem para melhoria de suas funções e processo de aprendizagem nos diferentes contextos de comunicação.
A Fonoaudiologia é a área da saúde que trata da comunicação, fala, voz, gestos, audição, leitura e escrita e das funções vitais: respiração, deglutição e mastigação, do nascimento à velhice.
Na APAE, os atendimentos são individualizados quando há maior comprometimento e são em grupo nas salas de aula, atendendo às dificuldades mais comuns e atuando também na prevenção.
Além do atendimento aos alunos internos, são realizados atendimento à comunidade, na própria Instituição. Atendimento itinerante nas Escolas da Rede Estadual, acompanhando alguns alunos portadores destas necessidades especiais.